Phân tích tính đa dạng DNA tập đoàn cây gỗ Sưa

Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010
PHẦN I: ĐẶT VẤN ĐỀ

“Phân tích đa dạng DNA tập đoàn cây gỗ Sưa (Dalbergia
tonkinensis) bằng chỉ thị RAPD và chỉ thị ISSR”

Mục đích:
Xem xét, đánh giá mối quan hệ di truyền giữa các giống trong tập đoàn
cây gỗ Sưa
Làm cơ sở cho công tác bảo tồn và tái tạo nguồn gen quý hiếm này.

Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
Báo cáo luận khóa luận nghiệp - 2010
Hình 1.1: Hình ảnh về cây gỗ Sưa

Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
Báo cáo luận khóa luận nghiệp - 2010
PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
1. Vật liệu thực vật

35 mẫu lá cây gỗ Sưa do phòng Sinh học thuộc Bảo tàng
Thiên nhiên Việt Nam cung cấp. bảng 2.1
2. Các chỉ thị sử dụng trong nghiên cứu

17 chỉ thị (7 chỉ thị RAPD và 10 chỉ thị ISSR)
.
A. Vật liệu nghiên cứu

Stt
Kí
hiệu
Địa điểm thu thập Stt
Kí
hiệu
Địa điểm thu thập
1 Dt1 Công viên Thủ Lệ - Hà Nội 19 Dt19 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội
2 Dt2 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 20 Dt20 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội
3 Dt3 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 21 Dt21 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội
4 Dt4 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 22 Dt22 Viện đo lường-Hoàng Quốc Việt-Hà Nội
5 Dt5 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 23 Dt23 Mỹ Đình-Cầu Giấy-Hà Nội
6 Dt6 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 24 Dt24 Công viên Bách Thảo-Hà Nội
7 Dt7 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 25 Dt25 Công viên Bách Thảo-Hà Nội
8 Dt8 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 26 Dt26 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
9 Dt9 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 27 Dt27 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
10 Dt10 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 28 Dt28 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
11 Dt11 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 29 Dt29 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
12 Dt12 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 30 Dt30 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
13 Dt13 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 31 Dt31 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
14 Dt14 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 32 Dt32 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
15 Dt15 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 33 Dt33 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
16 Dt16 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 34 Dt34 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
17 Dt17 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 35 Dt35 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng
18 Dt18 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội
Bảng 2.1. Bảng kí hiệu và địa điểm thu thập mẫu

Bảng 2.2. Danh sách tên và trình tự nuleotide 17 chỉ thị nghiên cứu
Chỉ thị Tên chỉ thị Trình tự mồi Tài liệu tham khảo
OPD13 GGGGTGACGA
OPC19 GTTGCCAGCC
OPG13 CTCTCCGCCA
RAPD OPN16 AAGCGACCTG Rout và cộng sự, 2003
OPN05 ACTGAACGCC
OPP08 ACATCGCCCA
OPP19 GGGAAGGACA
IS2 CAACAACAACAACAA
IS3 GACAGACAGACAGACA
IS5 CCGCCGCCGCCGCCGCCG
IS7 GGCGGCGGCGGCGGCGGC
ISSR IS15 CACACACACACACACAA Mohd và cộng sự, 2009
P51 GAGAGAGAGAGAGAGAA
P55 ACACACACACACACACT
P56 ACACACACACACACACG
P61 ACACACACACACACACTG
P67 ATGATGATGATGATGATG

Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010
PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

B. Phương pháp nghiên cứu
1. Tách chiết DNA tổng số từ lá Sưa

DNA được tách chiết dựa theo quy trình CTAB của Doyle và Doyle,
1987

DNA tổng số sẽ được xác định hàm lượng và độ sạch

Điện di kiểm tra DNA trên gel agarose 0,9%

Xác định hàm lượng và độ sạch của DNA bằng quang phổ kế

Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010
PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

B. Phương pháp nghiên cứu
2. Phương pháp phân tích tính đa hình DNA dựa trên phản ứng PCR

Thành phần và chu kì nhiệt của phản ứng PCR – RAPD dựa
theo nghiên cứu của William và cộng sự, 1990

Thành phần và chu kì nhiệt của phản ứng PCR – ISSR dựa theo
nghiên cứu của Zeitkiewic và cộng sự, 1994

Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010
PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

B. Phương pháp nghiên cứu
3. Phương pháp phân tích số liệu

Số liệu được phân tích trong phần mềm NTSYSpc2.0

Hàm lượng thông tin tính đa hình (Polymorphism Information
Content = PIC) của mỗi chỉ thị được xách định theo công thức của Saa
và Wricke (1999).
PIC
i
= 1 - ∑P
ij
2
Trong đó Pij là tần số alen thứ j của kiểu gen i được kiểm tra. Phạm
vi giá trị PIC từ 0 (không đa hình) tới 1 (đa hình hoàn toàn).

Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010




PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
Kết quả tách chiết DNA tổng số từ 35 mẫu lá cây gỗ Sưa
1
Kết quả phân tích tính đa dạng DNA của 35 mẫu cây gỗ Sưa
với 7 chỉ thị RAPD và 10 chỉ thị ISSR
2
Mối quan hệ di truyền giữa 35 mẫu cây gỗ Sưa với 7 chỉ thị
RAPD và 10 chỉ thị ISSR
3

Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
1. Kết quả tách chiết DNA tổng số từ 35 mẫu lá cây gỗ Sưa
Hình 3.1: Hình ảnh DNA tổng số đại diện của 14 mẫu lá cây gỗ Sưa chạy
điện trên gel agarose 0,9%.
Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

Xem chi tiết: Phân tích tính đa dạng DNA tập đoàn cây gỗ Sưa